Le quatrième département du musée, dédié au XVIe siècle, témoigne de l’essor artistique de cette période. Il présente notamment deux tapisseries des Flandres, une série de vitraux en grisaille et jaune d’argent, l’émouvant Christ de Bonnecombe en bois et une petite Vierge en calcaire polychromée, fragment d’une Annonciation.
La visite se termine dans la cour intérieure de l’hôtel de Jouéry qui confère au musée une atmosphère si particulière.